Phân tích trên quy mô hệ gene họ NIN-like protein (NLP) ở cây ngô (Zea mays L.) bằng phương pháp tin sinh học

Tóm tắt

Các NIN-like protein (NLP) thuộc họ tác nhân điều hòa phiên mã RWP-RK và mang các đặc điểm giống với NIN (Nodule INception). Các NLP điều hòa sự biểu hiện các gene liên quan đến tín hiệu nitrate ở thực vật. Trong công trình này, chúng tôi phân tích họ gene NLP trên quy mô hệ gene của cây ngô (Zea mays L.) thông qua cách tiếp cận tin sinh học. Trong hệ gene của cây ngô có tổng số chín gene mã hóa NLP. Các gene này có ba hoặc bốn intron, dài từ 2855 tới 8092 nucleotide. Các trình tự protein suy diễn có chiều dài từ 786 tới 945 amino acid. Giá trị pI của hầu hết các protein đều nhỏ hơn 7. Các protein NLP của cây ngô có các vùng bảo thủ cao phía đầu N-terminal và đầu C-terminal trong đó có vùng RWP-RK và PB1 đặc trưng. Căn cứ vào cây phả hệ có thể nhận thấy ba sự kiện nhân gene trên quy mô hệ gene mới diễn ra sau thời điểm phát sinh loài ở cây ngô. Tất cả các gene NLP biểu hiện ở tất cả các mô của cây ngô ở các giai đoạn phát triển khác nhau, từ giai đoạn hạt nảy mầm tới hạt chínđều được nghiên cứu. Các gene ZmNLP5, ZmNLP6 và ZmNLP7 là những gene biểu hiện yếu hơn so với các gene còn lại ở phần lớn các mô.