Nghiên cứu in silico khả năng gắn kết của các chất có trong sâm Việt Nam (Panax vietnamensis) trên enzym peroxiredoxin 5

Tóm tắt

Trong những năm gần đây, ứng dụng máy tính để hỗ trợ cho nghiên cứu và phát triển thuốc như tìm kiếm chất khởi nguồn, định hướng cho tổng hợp và thiết kế thuốc mới, hay trong sàng lọc các chất dựa trên các mô hình in silico (sàng lọc ảo)...đã thu hút rất nhiều sự quan tâm của các nhà khoa học trong và ngoài nước. Tác dụng chống oxy hóa của sâm Việt Nam được biết đến qua các nghiên cứu in vitro và in vivo trên một số saponin có trong sâm Việt Nam như majonosid-R1, majonosid-R2 và vina-ginsenosid-R2... Đây là các triterpen saponin (ginsenosid) có khung dammaran, thuộc các nhóm protopanaxadiol, protopanaxatriol và ocotillol saponin, là thành phần hoạt chất chính có trong sâm. Dựa vào các kết quả trên, nghiên cứu này được thực hiện nhằm đánh giá tác động chống stress oxy hóa hướng in silico của các hợp chất này thông qua khảo sát tương tác của các dẫn xuất saponin có trong sâm Việt Nam với enzym peroxiredoxin 5 - một trong những enzym liên quan đến quá trình chống stress oxy hóa trong cơ thể, từ đó tìm ra những chất có tiềm năng trong việc chống stress oxy hóa.

Phương pháp nghiên cứu

Đề tài đánh giá tác dụng dược lý hướng in silico của các saponin có trong sâm thông qua việc khảo sát khả năng gắn của các saponin trên enzym peroxiredoxin 5; Sử dụng các phần mềm: AutoDock Vina, BIOVIA Discovery Studio 2016.

Kết quả

Đề tài đã thực hiện docking các dẫn xuất saponin có trong sâm Việt Nam trên peroxiredoxin 5 (Pdb id: 1HD2), một enzym liên quan đến quá trình chống stress oxy hóa. Kết quả docking cho thấy một số chất có năng lượng gắn kết tốt trên enzym này: Vinaginsenosid R5, vinaginsenosid R3, ginsenosid Rb2, vinaginsenosid R23, vinaginsenosid R8, ginsenosid Rh₁. Dựa trên quy luật 5 Lipinski, ginsenosid Rh₁ là chất có thể tiếp tục sử dụng làm chất khởi nguồn cho những nghiên cứu tiếp theo để thiết kế những dẫn chất có đặc tính phù hợp có khả năng chống stress oxy hóa.