Phân tích đặc điểm di truyền ORF2 của Porcine circovirus type 2 (PCV2) thu thập ở một số Tỉnh/Thành Việt Nam trong giai đoạn từ 2007- 2016

Tóm tắt

Porcine circovirus type 2 (PCV2) là tác nhân liên quan đến nhiều bệnh, gây thiệt hại nghiêm trọng trong
chăn nuôi heo. PCV2 có tốc độ thay thế nucleotide nhanh tạo điều kiện để virus tiến hóa và xuất hiện các
genotype mới. Sự lưu hành và biến đổi của các genotype PCV2 ở Việt Nam được đánh giá qua việc giải trình tự
nucleotide toàn bộ ORF2 của 48 chủng PCV2 phân lập thực địa từ 13 tỉnh/thành, Việt Nam trong giai đoạn từ
năm 2007 đến năm 2016, phân tích cây di truyền và so sánh mức tương đồng với các chủng PCV2 tham khảo
ở Việt Nam và trên thế giới. Kết quả phân tích cho thấy, có sự lưu hành đồng thời của các genotype PCV2b,
PCV2d và nhóm tái tổ hợp, trong đó phổ biến nhất là PCV2b (24/48), cùng với sự xuất hiện và ngày càng phổ
biến của PCV2d (16/48), đặc biệt là PCV2d2 (15/16). Các phân lập PCV2 xếp trong cùng genotype có mức
độ tương đồng về nucleotide là khá cao, từ 98,7% - 100% đối với PCV2b, từ 98,5 – 100% đối với PCV2d2 và
từ 98,7% đến 100% đối với nhóm PCV2 tái tổ hợp. Khoảng cách di truyền giữa các genotype là khá cao, biến
động từ 0,0595 ± 0,0096 đến 0,0663 ± 0,0102. Ngoài ra, có sự biến đổi genotype theo thời gian xảy ra ở mức
độ trang trại. Kết quả này góp phần làm rõ hơn về dịch tễ học của PCV2 ở Việ