Sự lưu hành và biến đổi di truyền của virus cúm A/H5N1 tại một số tỉnh vùng đồng bằng sông Cửu Long

Tóm tắt

Nghiên cứu sự lưu hành và biến đổi di truyền của virus cúm A/H5N1 (viết tắt là CGC) đã được tiến hành từ các mẫu dịch hầu họng (swab) lấy trên gà, vịt khỏe bán tại các chợ và các lò giết mổ tại một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long (An Giang, Kiên Giang, Đồng Tháp, thành phố Cần Thơ). Các mẫu được xét nghiệm bằng kỹ thuật Realtime RT-PCR để định danh virus CGC và giải trình tự gene HA đối với một số mẫu đại diện để xác định sự biến đổi di truyền và clade virus. Kết quả nghiên cứu cho thấy tỷ lệ dương tính của virus CGC trên gia cầm tại 4 tỉnh ĐBSCL là 4,8%, trong đó tỷ lệ trên vịt là 5,5% và trên gà là 4,2%. Kết quả khảo sát sự biến đổi di truyền cho thấy các chủng virus CGC lưu hành tại địa phương có tỷ lệ tương đồng ở mức độ nucleotide với tỷ lệ từ 98,2-99,3% và sai khác so với chủng virus khác phân lập được ở Việt Nam và trên thế giới với tỷ lệ từ 3,7-10,3%. Trình tự các acid amin ở vị trí nối kết giữa đoạn HA1 và HA2, đoạn quy định độc lực là RRRKR, tương đồng với trình tự của chủng virus CGC độc lực cao tham chiếu A/chicken/Korea/IC546/2011(H5N1) và A/Hubei/1/2010(H5N1). Các chủng virus CGC lưu hành tại các tỉnh An Giang và Kiên Giang thuộc clade virus 2.3.2.1c.