XÁC ĐỊNH VÀ PHÂN TÍCH CÁC GENE MÃ HÓA PROTEIN LIÊN KẾT STRESS (SAP) Ở CÂY ĐU ĐỦ (Carica papaya L.) BẰNG PHƯƠNG PHÁP IN SILICO

DOI: 10.18173/2354-1059.2021-0014

  • Lê Thị Mận
  • Trần Thị Thanh Huyền
  • Lê Chí Toàn
  • Trần Thị Thanh Loan
  • Cao Phi Bằng
Từ khóa: biểu hiện gene, cây Đu đủ (Carica papaya L.), cây phả hệ, in silico, protein liên kết stress (SAP)

Tóm tắt

Nhờ sử dụng các phương pháp nghiên cứu in silico, chúng tôi đã xác định được 7 gene mã hóa các protein liên quan stress (SAP) ở trong hệ gene của cây Đu đủ (Carica papaya L.). Các gene SAP của cây Đu đủ có kích thước từ 416 tới 813 nucleotide, không có hoặc chỉ có một intron. Các protein suy diễn có kích thước từ 114 tới 270 amino acid, khối lượng phân tử nằm trong khoảng 13,10 kDa tới 29,63 kDa. Các protein suy diễn có tính kiềm với pI dao động từ 8,82 đến 9,95. Căn cứ vào kết quả phân tích cấu trúc và cây phả hệ, các SAP của cây Đu đủ được phân chia thành hai nhóm nhóm I (năm gene) và phân nhóm II (hai gene). Các SAP này của cây Đu đủ có mức độ bảo tồn cao về cấu trúc với hai vùng bảo tồn A20-AN1 (nhóm I) hoặc vùng AN1 (nhóm II). Phân tích dữ liệu RNA-seq được xây dựng từ lá đu đủ trong điều kiện thường và điều kiện đông lạnh cho thấy tất cả 7 gene SAP của cây Đu đủ đều biểu hiện và đều được cảm ứng biểu hiện mạnh hơn trong điều kiện đông lạnh so với điều kiện thường. Gene CpSAP2 có mức độ biểu hiện tương đối mạnh nhất trong các gene SAP của cây Đu đủ. Kết quả nghiên cứu này là cơ sở cho các nghiên cứu về tách dòng gene, phân tích chức năng của các gene trong họ SAP và chọn giống ở cây Đu đủ trong đáp ứng với các điều kiện stress vô sinh của môi trường. 

điểm /   đánh giá
Phát hành ngày
2021-07-21
Chuyên mục
BAI BÁO